跨学科论文在知网查重时，由于涉及多个学科领域的知识和文献，容易引起查重系统的误判。为了避免这种情况，作者在写作时应尽量明确论文的主题和研究对象，避免过多引用其他学科的内容。此外，可以选择针对特定学科的查重设置，减少系统对其他学科领域的检测，提高查重通过率。另外，精心选择关键词和论文标题，使其更加符合主题，也有助于降低查重系统的相似度。

跨学科论文在知网查重时，还可以采取一些特殊处理方法，如在引用其他学科内容时，及时标注出处，并说明引用的目的和意义，避免被查重系统认定为抄袭。另外，可以适当增加自身研究成果和创新点的阐述，突出论文的独特性和学术贡献，从而减少系统对论文的相似度判定。同时，注意论文的结构和逻辑，合理安排各部分内容，使整篇论文更加完整和连贯，也有助于通过查重系统的检测。